Anders als die meisten Final Fantasy-Spiele ist Dissidia eher ein Kampfspiel als ein klassisches Rollenspiel. Die komplexe Geschichte, die Charakterebene und die Anpassungsfähigkeit bleiben jedoch erhalten. Das Spiel enthält Hauptfiguren der anderen Final Fantasy-Titel, zwei von jedem Titel (der Protagonist und der Antagonist). Die Handlung dreht sich um die Schlacht der beiden Götter, Kosmos und Chaos. Die Protagonisten werden Teams bilden, um durch Chaos-Armeen zu kämpfen und ihre Kristalle zu finden, die später zur Zerstörung des Chaos verwendet werden. Jede Figur hat ihre eigene Kampagne, an deren Ende ein Kristall gesammelt wird.