2007, zwei Jahre nach dem Zwischenfall mit Shadow Moses, infiltriert Solid Snake, der jetzt für eine freiberufliche Organisation namens Philanthropy arbeitet, den Öltanker U.S.S. Discovery.Dabei untersucht er die Entwicklung einer neuen Metal Gear-Waffe. Eine Konfrontation mit einer russischen Militärgruppe sowie ein alter Bekannter aus Snakes vergangenen Abenteuern führen zu einer massiven Detonation, nach der Snake als tot gilt.

Jahr 2009: Der Spieler übernimmt die Kontrolle über Raiden, einen Rookie-Agenten, der im Auftrag des Obersten anscheinend Mitglied einer reformierten Foxhound-Einheit ist. Sein erster Auftrag ist es, die Offshore-Sanierungsanlage Big Shell zu infiltrieren und den Präsidenten der Vereinigten Staaten von Amerika zu retten, der von Mitgliedern einer terroristischen Organisation namens Sons of Liberty entführt wurde. Die Dinge werden jedoch immer komplizierter, da fast jeder, mit dem Raiden kommuniziert, eine versteckte Agenda zu haben scheint und es schwierig ist, einen Freund vom Feind zu unterscheiden ...

Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty ist die Fortsetzung des Spionage-Actionspiels Metal Gear Solid. Ein Grossteil des Gameplays bleibt unverändert, da der Protagonist des Spiels sich an Wachen vorbeischleichen, sie mit verschiedenen Geräten überlisten und die kniffligen Boss-Feinde besiegen muss. Es gibt eine Vielzahl von Waffen, die während des Spiels aufgegriffen werden müssen, einige alte wie die FAMAS und Socom, und einige neue wie die AK-47. Kampfkunstkombinationen können zum Deaktivieren von Wachen verwendet werden. Es ist möglich, durch kleine Räume zu kriechen, um Ecken zu spähen und akrobatische Sprünge auszuführen, um davonzukommen. Der Protagonist kann auch an Geländern hängen, sich effektiv vor der Wache verstecken oder seine Waffe in den Rücken einer Wache stecken, was ihn überrascht. Der Karton ist ebenfalls wieder da und kann wieder zum Verstecken verwendet werden.

Geräte wie Sneak Suit, Minensuchgerät, Thermobrille und andere befinden sich auf dem Weg. Das Radar des Originalspiels ist noch vorhanden und weist den Spieler auf die Positionen der Wachen hin und zeigt auch deren Sichtfeld an. Wenn ein Alarm ertönt, wird das Radar deaktiviert, während der Held fliehen muss. In einigen Situationen muss das Radar aktiviert werden, bevor es verwendet werden kann.

Wie sein Vorgänger ist das Spiel voll von Codec-Gesprächen und Zwischensequenzen. Alle Zwischensequenzen im Spiel verwenden die 3D-Engine im Spiel. Die Bewegungen der Charaktere sind bewegungserfasste Animationen.